Bagian Kepegawaian Universitas Tanjungpura secara struktural berada di bawah Biro Administrasi Umum dan Keuangan (BAUK) Universitas Tanjungpura yang melaksanakan tugas pokok dan fungsi pengelolaan administrasi kepegawaian mulai dari formasi, pengadaan, kepangkatan/jabatan, pengelolaan DUK, diklat, cuti pegawai, pemberian penghargaan, pembinaan disiplin pegawai sampai dengan pemberhentian dan pensiun pegawai.
Bagian Kepegawaian Universitas Tanjungpura terdiri atas:
- Sub Bagian Pendidik
- Sub Bagian Kependidikan
- Sub Bagian Hukum Tata Laksana